"Jag rycker till av smällen när stolen far i golvet. Gode Gud, låt det gå fort! Och ge mig en möjlighet att döda de båda svinen!"

Året är 1875 och läkekonsten söker nya vägar. August, en misslyckad student, och glädjeflickan Katarina lockas in i den karismatiske vattendoktorns försök med banbrytande behandlingar. Snart är de fångar i hans värld, till det yttre i vetenskapens tjänst. Men vad är det egentligen som driver honom? Och varför är just August och Katarina utvalda? När en patient försvinner börjar fasaden rämna och det förflutna kan inte längre skylas över. En kamp på liv och död är oundviklig.

Vattendoktorn är en berättelse om ondska, sårbarhet och förlåtelse i ett Sverige där det fanns läkare som ansåg att vattnet och anden är människans enda sanna läkemedel.